Les cinquième et sixième pylônes sont l’œuvre de Thoutmôsis Ier et Thoutmôsis III. L’espace entre les deux pylônes est occupé par des salles en enfilade très ruinées dont deux petites salles hypostyles comportant des piliers osiriaques.

Le sixième pylône, le dernier dans l’axe Est-Ouest, date de Thoutmôsis III. Bien que de fort petite taille, c’est sans doute l’un des plus intéressants de tous les pylônes de Karnak. Sur ses faces apparaissent deux documents historiques de la première importance : d’une part, les fameuses « listes géographiques », sortes de cartouches crénelés dans lesquels sont inscrits les noms des villes et des peuples soumis à l’Égypte ; d’autre part, les Annales de Thoutmôsis III qui narrent les campagnes victorieuses du roi et dressent la liste des butins de guerre offerts au sanctuaire d’Amon.

Dans l’avant-cour, au-delà du sixième pylône, on remarquera les deux piliers héraldiques carrés en granit rose. Ils ont été érigés par Thoutmôsis III en avant du sanctuaire de barque, qu'il fit également bâtir. Leur décoration évoque les royaumes de Basse et de Haute-Égypte unis devant le dieu d’empire Amon. Ainsi, au Sud, se trouvent sculptés en haut-relief, le "lys", la plante héraldique de Haute-Égypte et, au Nord, le papyrus, la plante héraldique de Basse-Égypte.

Sanctuaire des barques sacrées

Il a été édifié par Philippe Arrhidée, frère et successeur d’Alexandre le Grand, et devenu roi légitime d’Égypte, à l'emplacement d'un sanctuaire reposoir de barque plus ancien, datant de Thoutmôsis III. Ce monument en granit est composé de deux salles : un vestibule et un sanctuaire. L'une des salles abritait la barque portative du dieu Amon. Elle est ouverte de deux côtés, à l’Est où le soleil se lève et à l’Ouest où il se couche. De cette façon, la lumière du dieu solaire pouvait éclairer la barque sacrée d’Amon et son effigie divine posée sur un socle.

Les parties inférieures de cet édifice ont souffert de leur enfouissement ; fort heureusement, les scènes des parties supérieures nous sont parvenues presque intactes. À l'intérieur du monument, plusieurs registres présentent de nombreuses scènes d'offrandes et la barque sacrée d'Amon. À l'extérieur du vestibule, la face Sud présente des scènes de la procession d'Opet ; la face Nord constitue l'une des parois du sanctuaire ptolémaïque d'Amon-Min-Kamoutef. Les parements externes du sanctuaire sont décorés de diverses scènes rituelles.

Dans les pièces voisines dont beaucoup servaient de magasins, se dressent de petits autels en granit au nom de Thoutmôsis III ; sur les parois, les représentations d’Hatshepsout furent martelées et remplacées à sa mort par celles de Thoutmôsis III.

Des statues d'Amon et de sa parèdre Amonet (contrepartie féminine du dieu) en grès rouge gardent l'entrée d'une salle à proximité de la chapelle reposoir. Elles ont été érigées par Toutankhamon après son retour d’Amarna à Thèbes. La représentation du dieu Amon est, comme c'est l'usage, au visage du roi régnant. Le souverain porte la coiffe traditionnelle composée du mortier surmonté de deux hautes plumes.