Une église Saint-Honorat existe depuis le XI° siècle, construite par les moines de Saint-Victor de Marseille. L'abbaye dans son ensemble est entièrement reconstruite au XII° siècle. L'église visible aujourd'hui est de style roman provençal. Elle n'a pas été achevée et une cour occupe l'espace où devait être construite la nef. La partie construite est surmontée par une lanterne des morts dont le style s'inspire de l'architecture de l'amphithéâtre romain. Cette tour domine le cimetière. Au XVIII° siècle, cette cour fut un véritable musée en plein air, présentant sarcophages, stèles funéraires, restes de mausolées antiques. Aujourd'hui, planté de cyprès, ce lieu plein de poésie inspira bien des artistes.

L'allée des Alyscamps qui subsiste aujourd'hui a été aménagée par les religieux minimes au XVIII° siècle. En 1888, Vincent Van Gogh et Paul Gauguin vinrent peindre dans ces romantiques "Champs Élysées" d'Arles. Van Gogh a installé son chevalet sur le talus qui sépare les Alyscamps du canal de Craponne, ce qui explique le point de vue élevé et la vision simultanée des fragments de l'allée et de ce même talus.